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引物二聚体(干货分享 ▏普通PCR和qPCR引物是否一样?)
引物,产物,特异性引物二聚体(干货分享 ▏普通PCR和qPCR引物是否一样?)
发布时间:2020-12-06加入收藏来源:互联网点击:
相同处
序列的查找是一致的;
序列选取应在基因的保守区段;
选取合适的扩增片段大小
避免引物自身或与引物之间形成4个或4个以上连续配对;
避免引物自身形成环状发卡结构;
Tm值在55-65℃,GC含量在40%-60%;
引物之间的TM相差避免超过2℃;
引物的3’端避免出现3个或3个以上连续相同的碱基;
不同处
Real time PCR 引物
PCR产物长度;real-time PCR要求在300bp以内,一般首选80-150bp 之间;
多对目的基因同时扩增,文献上查来的引物条件会不同,需要设计尽可能条件一致的引物;
目的基因含量比较低时,需要设计灵敏度比较高的引物;
相对电泳法,Real time PCR灵敏度比较高,对引物的要求更高,引物二聚体要少;熔解曲线要求单一产物;
Real time PCR的目的是进行定量或者相对定量,对扩增的效率有要求;对引物的二级结构要求高;
普通PCR 引物
PCR根据实验的要求不同,长度一般是从150bp到几千bp 不等;
对二级结构要求没有real time PCR 高;
对扩增效率要求不高;
可以选用梯度PCR 仪,选择不同退火温度,对引物退火温度要求不需要一致;
验证时不同
引物的特异性(相同点)
引物的特异性在使用前用blast 来保证;
不同点
real time PCR在实验结果中通过熔解曲线来验证;
PCR的特异性产物峰应与引物报告中的PCR product 相差在两度之内;
普通PCR 通过产物的长度,跑条带,来鉴别产物的特异性;
Real time PCR 可以通过扩增曲线,熔解曲线分析来鉴别产物的相对量,同时也可以对终产物进行电泳分析,更全面,更科学!
本文到此结束,希望对大家有所帮助呢。
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